El sistema de suspensión con ajuste electrónico se ha diseñado para que los usuarios puedan variar el rendimiento de la suspensión, de acuerdo a sus necesidades de uso y carga. Con cuatro posiciones principales, el conductor siempre tendrá la seguridad de que, pese a las condiciones, la Yamaha FJR1300AE ofrecerá el mejor ajuste posible y la mayor comodidad en marcha.
Sólo hay que elegir una posición en un interruptor situado sobre el manillar para cambiar entre los diferentes modos: sólo conductor, conductor con carga, conductor y pasajero, y conductor y pasajero con carga. La posición elegida aparece claramente confirmada mediante un indicador en el panel de instrumentos. Además de estos cuatro ajustes principales, el sistema también tiene tres tarados: suave, estándar o duro, lo que acaba proporcionando un total de 12 opciones de ajuste de la suspensión. Los ajustes también se pueden realizar de forma manual.
Como el sistema está vinculado tanto a la suspensión delantera como a la trasera, las modificaciones se realizan de forma conjunta con el rebote y la precarga de la rueda delantera y trasera, a la vez que se mantiene un perfecto equilibrio que proporciona un rendimiento suave y consistente.
La FJR1300AE monta una nueva horquilla invertida que contiene una serie de mecanismos independientes de amortiguación que reparten el ajuste de compresión y amortiguación entre las dos botellas. El mecanismo de ajuste de la compresión se encuentra en la botella izquierda mientras que el de rebote está en la botella derecha; un sistema que se usa actualmente en la Yamaha YZF-R1 y en la Yamaha YZR-M1 de MotoGP.
Separar las fuerzas de amortiguación entre las dos botellas es fundamental para el funcionamiento de la suspensión con ajuste electrónico, ya que permite que el sistema tenga una mayor y más precisa gama de ajustes de amortiguación. Los dos sistemas diferentes reducen la fluctuación en la presión hidráulica dentro de la horquilla, lo que ayuda a optimizar el rendimiento de la válvula de amortiguación en un uso exigente y mantenido.